Solo vive en una región pequeña, al norte de una línea imaginaria que conecta Puertecitos en Baja California y Puerto Peñasco en Sonora. Esta vaquita vive en aguas cálidas y poco profundas de entre 11 a 50 m, con una visibilidad de 0.9 a 12 m y a una distancia de la costa de 11 a 25 km. Prefiere fondos marinos compuestos de arcilla y limo, a los arenosos.

El hábitat donde vive la Vaquita ha sido alterado por varios factores, el principal es la pesca ribereña y de altura de camarón, Totoaba y otras pesquerías, que disminuyen las poblaciones naturales y afectan los fondos marinos.